Efter att ha levt skyddade från människornas värld i många år, ger sig turtle-bröderna ut för att vinna New York-bornas hjärtan och bli accepterade som normala tonåringar genom heroiska handlingar. Deras nya vän April O’Neil hjälper dem i kampen mot ett mystiskt brottssyndikat, men de kommer snart att ta sig vatten över huvudet, när en armé av mutanter släpps lös mot dem.